Timp de 5 ani, cât a dus această ascultare, Cuviosul Ioan Iacob a săvârşit zilnic toate sfintele slujbe, în limba română, a tradus numeroase pagini din Sfinţii Părinţi cu învăţături pentru călugări şi [[pelerin]]i; a compus un bogat volum de versuri duhovniceşti, a înnoit chiliile şi biserica schitului şi, mai ales, viaţa duhovnicească din schit, ostenindu-se mult pentru primirea pelerinilor din ţară, pe care îi spovedea, îi împărtăşea şi le dădea sfaturi mântuitoare de suflet. Noaptea, însă, se nevoia singur, neştiut de nimeni, fie în chilie, fie ieşind să se roage pe valea Iordanului, încercând să urmeze, după putere, Cuvioasei [[Maria Egipteanca]]. Nevoinţa lui era aceasta: ziua nu mânca nimic până la apusul soarelui şi rostea neîncetat rugăciunea din inimă, iar cu mâinile lucra la grădină, la întreţinerea schitului şi odihnea cu dragoste pelerinii care poposeau acolo. Noaptea săvârşea slujbele rânduite, spovedea închinătorii şi se retrăgea câteva ore la linişte într-o peşteră de pe malul Iordanului, iar dimineaţa se întorcea la schit cu chipul luminat.

Din vara anului 1953, fericitul Ioan se retrage cu ucenicul la o peşteră din apropiere, numită Chilia Sfintei Ana, unde, după tradiţie, ea se ruga lui Dumnezeu să-i dăruiască un prunc. Alături de el, într-o altă peşteră, se nevoia un monah cipriot, anume Pavel. Aici s-a nevoit Sfântul Ioan Sihastrul cu ucenicul său, timp de 7 ani, în rugăciuni neîncetate, în privegheri de toată noaptea, în postiri îndelungate, în lacrimi neştiute, în cugetări şi în doriri duhovniceşti, răbdând tot felul de ispite, suferinţe, lipsuri, lupte cu diavolii şi cu [[înstrăinare]] totală, aprinzându-se de multă râvnă pentru Hristos şi slăvind pe Dumnezeu Cel în Treime lăudat. La peşteră, unde cu greu se ajungea, pe o scară înaltă, nu primea pe nimeni, comunicând cu cei ce veneau mai ales prin rugăciune, prin unele scrieri sfinte şi prin [[ucenic]]ul său.