Imediat după instaurarea regimului comunist, Părintele Arsenie a intrat în vizorul Securităţii, fiind arestat pentru prima oară în 1948 și anchetat la Făgăraș, pentru a-i fi ajutat creştineşte pe luptătorii anticomunişti din Munţii Făgăraşului. Atât pentru aceste bănuieli, cât şi datorită notorietăţii sale în creştere printre credincioşii creştini, este anchetat de SiguranţăSecuritate, invocându-se pretinse legături cu [[Mişcarea Legionară]]. Părintele Arsenie a respins însă acuzaţiile, demonstrând inexistenţa oricărei legături cu lumea politică.