După 30 de ani de abandonare, sfântul lăcaş avea să iasă la lumină şi să fie redat cultului odată cu venirea preotului Gheorghe Prejneanu. Prin stăruinţa acestuia şi cu sprijinul Comisiei Monumentelor Istorice (arhitect Ștefan Balș), au fost efectuate importante lucrări de restaurare, în perioada 1939-1944. Biserica Scaune a fost astfel degajată de pământul care o acoperea, dar curtea din jurul său a rămas mai joasă cu un metru faţă de nivelul străzii. De asemenea , au fost deschise arcadele pridvorului şi a fost refăcut acoperişul din olane. Tot în această perioadă, a fost restaurată de către Gheorghe Popescu pictura în frescă, cea originară, al cărei autor nu se cunoaşte. De asemenea, au Au mai fost restaurate catapeteasma şi baldachinul din Sfântul Altar, de la începutul secolului al XVIII-lea, care sunt de o valoare artistic artistică însemnată. La 15 august 1944 biserica a fost redată cultului, iar la 8 septembrie, în acelaşi an, a fost resfinţită, Naşterea Maicii Domnului devenind astfel al doilea hram al bisericiisfântului lăcaş. Cu această ocazie, biserica a fost împodobită cu icoane şi cu tot ce era necesar cultului divin, deoarece din vechiul ei inventar nu s-au mai găsit decât jilţurile arhiereşti, policandrul, icoana din argint a Mântuitorului, icoana Sfântului Ioan Botezătorul, o Sfântă Evanghelie şi două potire, iar mai târziu a fost găsită în turla bisericii o icoană făcătoare de minuni a Maicii Domnului cu Pruncul, încadrată de reprezentări ale sfinţilor din Vechiul Testament.Lucrările de refacere au continuat şi în anii următori: în 1947 a fost zidită casa parohială, cu materiale recuperate de la diverse locuinţe demolate, în 1954 a fost construită din cărămidă actuala turlă, iar în 1958 s-a placat în întregime soclul bisericii , cu cărămidă specială, s-a plombat tot exteriorul şi brâul ce o înconjoară la mijloc şi s-a construit actualul gard metalic.