Modificări

În anul 1694, bolta semicirculară a fost înlocuită cu un tavan casetat de inspirație calvină, având elemente decorative de factură renascentistă, eveniment consemnat de o inscripție în limba latină din Sfântul Altar, cu anul scris în slove chirilice. Tot de atunci datează și ușa de intrare în naosul bisericii, împodobită de aceiași meșteri.

Mișcarea uniatistă din secolul al XVIII-lea a avut repercusiuni și asupra Mănăstirii, deoarece între sprijinitorii Cuviosului [[Sofronie_de_la_Cioara|Sofronie de la Cioara]] s-a numărat și Ieromonahul Procopie, ce se nevoia la Mănăstirea Lupșa în acea perioadă. Acest fapt a atras represaliile Generalului Buccow, care a înscris Mănăstirea pe lista lăcașelor ce urmau a fi dărâmate.