Dar abia după trecerea la cele veșnice a Patriarhului Ioan (+ [[19 ianuarie]] 520), Epifanie a fost numit și de împăratul Iustin I să-i succede succeadă ca patriarh lui Ioan al II-lea, la [[25 februarie]] 520. După alegerea sa, Epifanie a trimis Papei Hormisdas un anunț despre acceptarea condițiilor care au stabilit reconcilierea dintre Roma și Constantinopol care a pus capăt [[Schisma acachiană|Schismei Acaciene]]. El a afirmat sprijinul său pentru decretele [[Sinodul IV Ecumenic]] de la Calcedon (451), respectiv credința și condamnările [[Ierarh|ierarhilor]] ale căror nume fuseseră eliminate din [[diptice]]. Pentru a încuraja o pace generală, Epifanie a notat că a primit înapoi episcopii pocăiți care au renunțat la erorile lor. La aceasta, Papa Hormisdas a răspuns exhortându-l pe Epifanie să persevereze în reconcilierea [[Monofizitism|monofizitilor]].