În concordanţă cu statutul Bisericii Ortodoxe a Rusiei, jurisdicţia sa include persoanele de confesiune ortodoxă care trăiesc pe [[teritoriu canonic|teritoriul canonic]] al Bisericii Ortodoxe Ruse, anume în Rusia, Ucraina, Belarus, Moldova, Azerbaidjan, Kazahstan, Kîrgîzstan, Letonia, Lituania, Tadjikistan, Turkmenistan, Uzbekistan, Estonia şi asupra altpr altor creştini ortodocşi care trăiesc în alte ţări şi care au aderat voluntar la această jurisdicţie.

Eliberându-se de invadatori, statul rus a început să capete noi puteri, iar biserica l-a urmat. Până în acel moment, Patriarhul Constantinopolului numea [[întâistătător]]ul Bisericii din Rusia, adică pe Mitropolitul de Moscova. În timpul [[Sinodul de la Ferrara-Florenţa|Sinodului de la Ferrara-Florenţa]], în fruntea Bisericii Rusiei se afla un mitropolit grec, Isidor. Susţinător al unirii cu Roma, Isidor se întoarce la Moscova în anul 1441, unde proclamă unirea Bisericii locale cu cea a Romei, aşa cum fusese ea decretată la Florenţa, dar se izbeşte de refuzul categoric al ruşilor de a o accepta. El este întemniţat de către Marele Duce, dar după o vreme i se permite să evadeze, iar el fuge în Italia. Astfel, scaunul mitropolitan rămâne vacant; ruşii nu puteau însă un nou mitropolit, căci Biserica din Constantinopol continua să accepte unirea florentină. Nevrând să acţioneze pe cont propriu, ruşii amână luarea unei decizii vreme de câţiva ani. Totuşi, în anul 1448, doar cu cinci ani înainte de [[căderea Constantinopolului]] sub asaltul otoman, un sinod al episcopilor ruşi îl alege drept cap pe Mitropolitul Iona, fără intervenţia şi acordul Constantinopolului, acesta fiind investit cu titlul de Mitropolit al Moscovei şi al tuturor ruşilor. După anul 1453, când este abandonată unirea florentină, se restabileşte comuniunea între Biserica Rusiei şi Biserica din Constantinopol, dar de atunci înainte ruşii aveau să continue să-şi aleagă singuri întâistătătorul bisericii. De atunci înainte, Biserica Rusă începe să se auto-guvernezeautoguverneze.

Reformele au provocat ruperea de biserică a celor care considerau că toate cărţile de cult şi practicile bisericeşti erau integral de inspiraţie dumnezeiască şi nu era admisibilă nici o schimbare. Unii [[preot|preoţi]] şi credincioşi au refuzat să adopte reformelor liturgice ale Patriarhului Nikon şi au fost anatematizaţi anatemizaţi de autorităţile bisericeşti. Aceste grupuri au devenit cunoscute sub numele de [[rascolnici]] sau "vechii credincioşi". O parte din ei au rămas în Rusia, fiind alternativ persecutaţi şi protejaţi de autoritatea politică, iar alţii au emigrat în alte ţări (între care pe teritoriul României de astăzi - comunitatea lipovenilor). Unele dintre comunităţile Vechilor Credincioşi se află în prezent sub ascultarea [[Biserica Ortodoxă Rusă din afara Rusiei|Bisericii Ortodoxe Ruse din Afara Rusiei]] {{citare}}.

Un rol important dar încă disputat a avut timpul domniei lui Nicolae al II-lea un personaj numit Grigori Efimovici Rasputin, mistic rus, călugăr din Siberia, cu reputaţie atât de vindecător cât şi de om desfrânat. Mulţi consieră consideră că acesta avea legături cu secta [[hlîsti]]lor. A jucat un rol important în viaţa ţarului Nicolae al II-lea, a ţarinei Alexandra şi a unicului lor fiu, ţareviciul Alexei Nicolaevici, care era bolnav de hemofilie. Se spunea că Rasputin avea puterea de a vindeca prin puterea rugăciunilor şi că, într-adevăr, starea ţareviciului s-a îmbunătăţit într-o oarecare măsură după venirea lui la Curte; astfel, el dobândeşte o mare influenţă asupra Romanovilor. Aceştia îl considerau pe Rasputin un om al lui Dumnezeu şi un profet, iar ţarina credea, se pare, sincer că Dumnezeu vorbeşte prin gura lui - toate acestea au contribuit la ascensiunea rapidă a lui Rasputin. Această relaţie poate fi pusă în legătură cu ataşamentul tradiţional dintre pătura conducătoare a imperiului şi Biserica ortodoxă rusă.

Ameninţată distrugerea completă, Biserica nu şi-a putut continua opoziţia faţă de abuzurile puterii bolşevice. În condiţiile în care, după războiul civil, politica antireligioasă şi anticlerică anticlericală a luat o amploare nemaivăzută până atunci, patriarhul Tihon a fost nevoit să accepte o serie de compromisuri, în speranţa îmbunătăţirii condiţiilor de existenţă ale Bisericii în statul bolşevic. El a renunţat la opoziţia faţă de guvernul bolşevic, recunoscând legitimitatea acestuia şi acceptând condamnarea publică a acelora dintre ierarhi şi clerici care se alăturaseră rezistenţei antibolşevice. Patriarhia rusă se dezice de grupările din emigraţie potrivnice puterii sovietice şi nu mai ia poziţie în disputele politice. Protoiereul Vladislav Ţîpin explică această schimbare de orientare în atitudinea patriarhului faţă de guvernarea bolşevică prin dorinţa acestuia de a evita scindarea Bisericii Ruse, confruntată la acea dată cu puternice mişcări "reformatoare" sprijinite făţiş de puterea sovietică.