Biserica mănăstirii a suferit puţine schimbări de pe vremea fondatorului ei. Marele său portal de la vest este încă închis cu uşa din lemn de cedru, veche de 1400 de ani care funcţionează perfect, stând în cuiele şi balamalele ei iniţiale. Acoperişul de lemn al navei, de asemenea din secolul al VI-lea, stă sprijit sprijinit pe grinzi care poartă inscripţii în onoarea lui Iustinian şi a faimoasei sa le soţii [[Teodora (soţia lui Iustinian)|Teodora]]. Aceste inscripţii au fost menţionate de călători încă din secolul al XVIII-lea, dar numai în 1958 o expediţie a studiat cu atenţie aceste inscripţii, punându-le în legătură cu structura bisericii. Inscripţia îi menţionează pe "preaevlaviosul nostru împărat" Iustinian şi pe "răposata împărăteasă" Teodora. Teodora a murit în 548 iar Iustinian în 565, deci biserica a fost finalizată între aceşti ani.

După aceea, Dumnezeu i-a poruncit lui Moise să vorbească cu faraonul, pentru că El "a auzit strigătele poporului" (Ieşirea [http://bibliaortodoxa.ro/carte.php?id=32&cap=3#7 3,7]). Dumnzeu Dumnezeu a promis că israeliţii, pe atunci sclavii faraonului, vor trăi într-o ţară în care "va curge lapte şi miere" (Ieşirea [http://bibliaortodoxa.ro/carte.php?id=32&cap=3#9 3,9]). Atunci când Moise şi-a exprimat îndoiala că va fi crezut, Dumnzeu Dumnezeu i-a dat trei "semne": toiagul său s-a prefăcut în şarpe; mâna sa s-a umplut de lepră (şi s-a vindecat); iar lui Moise i-a spus că dacă acestea nu vor fi de ajuns, el va putea preface apa în sânge. Apoi Dumnezeu a adăugat că El, Domnul "va fi cu el" (Moise), ceea ce l-a încurajat să ceară eliberarea israeliţilor.

:"A trebuit să intrăm adânc în vale, căci există multe chilii pustniceşti şi o biserică la locul Rugului. Rugul este verde până în zilele noastre. Acesta este Rugul despre care am vorbit mai înainte, cel din care Dumnzeu Dumnezeu i-a vorbit lui Moise din flăcările focului. Rugul este într-o grădină foarte frumoasă din faţa bisericii." (cf. ''Călătoriile Egeriei'', ed. John Wilkinson (ISBN 0856687103) [en])

Capela Rugului Aprins are hramul [[Buna-Vestire|Buneivestiri]] a Maicii Domnului. Acest lucru este ilustrat printr-o icoană a "Maicii Domnului din Rugul Aprins" care o prezintă pe Maica Domnului aşezată în Rugul Aprins şi ţinându-L pe Fiul ei n braţe, cu Moise fiind reprezentat desculţ, închinându--se, în stânga. O cruce de mozaic din secolul al X-lea decorează absida capelei.

Pelerinii intră în capelă desculţi, în amintirea poruncii Domnului către Moise: "ScoteScoate-ţi încălţările din picioare pentru că locul pe care calci este loc sfânt."

Bazilica Schimbării la Față a Domnului și Mântuitorului nostru Iisus Hristos este cea mai mare clădire de cult din întreaga mănăstire, astfel că este centrul vieții sale monahale, unde se slujește cel mai adesea Sfânta Liturghie. Fiind construită din ordinul Sfântului Împărat [[Iustinian]], ușile sale de lemn se numesc ''Ușile lui Iustinian''. Absida sa este decorată cu un uriaș mozaic care îl reprezintă pe [[Iisus Hristos]] în timpul slăvitei Sale [[Schimbarea la Față|Schimbări la Față]], însoțit de cei doi profeți și de cei trei ucenici care au fost de față la aceasta. Pe [[iconostas]], [[Bunavestire]] nu este reprezentată pe [[Ușile Împărătești]]; de asemeni, lipsește reprezentarea celor patru evangheliști, cum se obinuiește obișnuiește în canonul bizantin. În schimb, ei sunt reprezentați împreună cu [[Maica Domnului]], pe partea stângă a ușii. În plus, iconostasul mai cuprinde reprezentări de mucenici, icoana Sfântului [[Ioan Botezătorul]] purtându-și capul tăiat și a Sfintei [[Ecaterina din Alexandria]], al cărei atribut iconografic tipic este o roată cu spini de fier (amintind de martiriul ei), ale cărei moaște sunt cinstite în bazilică.