În [[1 noiembrie]] 1948, Atenagora a fost ales Patriarh al [[Constantinopol]]ului, şi a zburat la Istambul Istanbul în avionul personal al preşedintelui Sua SUA Harry Truman. Ca patriarh, el a fost pe deplin implicat în [[Consiliul Mondial al Bisericilor]] şi în îmbunătăţirea relaţiilor cu [[Papa]]. Lungă sa slujire s-a încheiat în la [[7 iulie]] 1972, în IstambulIstanbul.

Întâlnirea din 1964 cu [[Papa Paul al VI-lea]] în , de la [[Ierusalim]] a dus la ridicarea reciprocă a Bulelor de [[Excomunicare]] care au dus la [[Marea schismă]] din 1054. Acest a fost un pas semnificativ spre restaurarea comuniunii dintre Roma şi Constantinopol. A dus la [[Declaraţia Comună Catolică-Ortodoxă din 1965]], care a fost citită public în [[7 decembrie]] 1965, simultan la o şedinţă publică la [[Conciliul Vatican II]] în Rome Roma şi într-o ceremonie specială în Istanbul. Declaraţia nu a încheiat schisma, dar a arătat o dorinţă de reconciliere între cel cele două biserici. Cu toate acestea, nu toţi ortodocşii au împărtăşit acest sentiment, inclusiv [[Filaret (Voznesensky) de New York|Mitropolitul Filaret]], care a scris o scrisoare patriarhului în acelaşi an.