În următorii patru ani, până la moartea sa, Iustin a trăit în "retragere", în timp ce afacerile de stat au fost în mâinile soţiei sale Sofia şi ale lui Tiberius, succesorul său desemnat. După patru ani, timp în care starea sănătăţii sale mentale a continuat să se deterioreze, Iustin al II-lea s-a stins pe [[8 octombrie]] 578.

In religious affairs, Justin is often presented as correcting Justinian's alleged lapse into aphthartodocetism. Justinian's supposed decree imposing aphthartodocetism was not preserved. The only source concerning such a decree contemporary to the time is the testimony of the historian Evagrius. Fr. Asterios Gerostergios notes in his book ''Justinian the Great: The Emperor and Saint'' that other parties involved at the time the [[Justinian|decree]] was alleged to have been issued make no mention of the act.