De-a lungul timpului a primit numeroase distincții și titluri, dintre care amintim: Premiul „Emanuel Heufeder” (Germania, 1998); Medalia Comemorativă „150 de ani de la nașterea lui Mihai Eminescu” și Ordinul „Serviciul Credincios” în rang de Mare Cruce acordat de Președinția României (2000); Membru titular al Academiei Internaționale de Științe Religioase de la Bruxelles (2000); Premiul ecumenic al Institutului Sf. Nicolae din Bari (Italia, 2002); Premiul Pro Humanitate acordat la Berlin, în 2002, de Fundația Europeană pentru Cultură Pro Europa (din Freiburg im Breisgau); Senator de onoare al Universității Dunărea de Jos (Galați, 2003); Ordinul Național „Steaua României” în grad de Mare Cruce (2007).

La 22 iulie 2021, cu ocazia împlinirii vârstei de 70 de ani, Patriarhului Daniel i s-a conferit cea mai înaltă decorație a statului român: Ordinul Național „Steaua României”, în grad de Colan.<ref>[https://basilica.ro/presedintele-klaus-iohannis-a-oferit-patriarhului-daniel-cea-mai-inalta-decoratie-a-statului-roman/ ''Președintele Klaus Iohannis a oferit Patriarhului Daniel cea mai înaltă decorație a statului român''], Basilica.ro, accesat la 22 iulie 2021</ref>