Conform tradiţiei[[tradiţie]]i, mănăstirea Filotheu este o ctitorie antică, din vremea creştinării grecilor. Piraţii arabi au jefuit însă de mai multe ori mănăstirea, care a fost un timp abandonată. Mai târziu, a fost rezidită de călugărul Arsenie şi stareţul FiloteiuFiloteu, de unde-şi ia numele.

Pe la 1070-1081 a fost reînnoită de împăratul bizantin, Nichifor III Botaniatul (1078-1081), care a împodobit-o cu daruri împărăteşti.

În 1492 a fost restaurată de către Leontie, regele Serbiei, şi fiul său Alexandru. Stareţul ei, [[cuvios]]ul Dionisie, din Olimp, ameninţat cu moartea de către călugări, toţi bulgarii au trebuit să se retragă.

Pe la 1775 o parte din [[chilii ]] au ars, şi au fost zidite de doamna Maria Procopoaia, din Bucureşti.

 * o bucată dintr-un cui de la crucea Domnului, dăruit de împăratul Nichifor-Botaniatul si mana dreaptă a Sf. Ioan Gură-de-Aur.===Icoane:===* o [[icoană ]] făcătoare de minuni, numită ''Glicofilusa '' (zugrăvită , după tradiţie, de Sf. Ap. [[Apostolul Luca]]) care pe vreme împăratul iconoclast Teofil, a fost aruncată in în mare, unde a stat multă vreme. Apoi a fost aruncată la mal tocmai în locul unde pe vremuri a fost o capiste capişte a idolilor păgânestipăgâneşti. Din locul unde a fost găsită icoana a izvorât aiasmă si [[aghiasmă]], care este si astazişi astăzi. * o altă icoană făcătoare de minuni care se numeste numeşte ''Gherontissa '' venită de la Nigrita, prin minune.

* piciorul Sf. sfântului [[mare mucenic]] [[Pantelimon]], dăruit de împăratul Constantin Paleologul

* o părticică parte din mâna Sf. dreaptă a sfântului [[Ioan Gură de Aur]]* o bucată dintr-un cui de la [[Crucea Domnului]], dăruit de împăratul Nichifor Botaniatul.