În 1989, după 50 de ani de la alungarea monahilor, Mănăstirea Valaam a fost reactivată,iar clădirile au fost restaurate în anii care au urmat. După reînfiinţarea mănăstirii, obştea acesteia s-a ridicat, în scurt timp, la aproape 200 de călugări. Spre sfârşitul anilor 1990, Mănăstirea Valaam a câştigat autoritate jurisdicţională asupra insulei şi a încercat să reîntoarcă insula la starea de izolare spirituală pe care o avusese iniţial, astfel încât i-a obligat pe mulţi dintre rezidenţii laici să se mute pe continent.În afară de biserica centrală, mănăstirea deţine în preznt prezent alte 12 schituri şi biserici, dar şi ateliere de icoane, fotografii şi cărţi, de încălţăminte, o tipografie şi o fabrică de lumânări. Biserica centrală cu hramul Schimbarea la faţă este clădirea cea mai importantă a mănăstirii şi datează din perioada 1887-1896. A fost construită la 50 de metri altitudine, fiind situată în partea estică a Insulei Valaam. Cele cinci turle albastre ale acesteia pot fi văzute aproape din toate părţile arhipelagului. Lucrările de construcţie au fost făcute sub îndrumarea egumenului Ionafan Dmitriev, ucenicul părintelui Damaschin, după proiectul arhitecţilor G.I. Carpov şi A.N. Silin. Catedrala este înaltă de 43 de metri, iar clopotniţa are 72 de metri. Iconostasul bisericii este sculptat în lemn şi aurit, iar crucile sunt din cupru aurit. Picturile în frescă au fost lucrate de părintele Luca Bogdanov, care a condus şi scoala de pictură a mănăstiri, iar icoanele au fost pictate sub îndrumarea părintelui Alipie Constantinov, un talentat ucenic al Şcolii de Artă din Sankt Petersburg.