Un veac mai târziu, voievodul Vasile Lupu (1634-1653) a ridicat ziduri înalte de piatră în jurul mănăstirii și a construit, la intrarea în incintă, un turn masiv cu parter și trei etaje (în 1641). Aceste ziduri nu i-au împiedicat însă pe cazacii lui Timuș Hmielnițki să jefuiască și să incendieze parțial sfântul lăcaș în 1653.<refname="Catana">[http://www.jurnalul.ro/timp-liber/culinar/patrimoniul-de-la-humor-17553.html Cristina Andreea Catană, ''Patrimoniul de la Humor''], în ''Jurnalul Național'', 5 iulie 2006.</ref> După anexarea Bucovinei de către Imperiul Habsburgic în 1775, autoritățile au desființat Mănăstirea Humor în baza Ordonanței Imperiale din 19 iunie 1783 a împăratului Iosif al II-lea, trecând toate pământurile și fondurile administrate de Episcopia Rădăuților „sub povățuirea stăpânirii împărătești și a crăieștii măriri”.<ref>[http://www.bucovina-forestiera.ro/1999/restituiri.htm Gheorghe C. Leon, ''Proprietatea forestieră în vechiul Ocol al Câmpulungului Moldovenesc'', în ''Bucovina forestieră'', nr. 1-2/1999.]</ref> După desființarea mănăstirii, biserica sa a fost transformată în biserică parohială, în timp ce chiliile s-au ruinat aproape complet. În clădirile fostului ansamblu monahal a funcționat o școală pentru copiii localnicilor, iar din 1850 acestea au fost folosite ca depozit pentru materialele autorităților austriece.<ref name="Catana"/>