Pe [[14 decembrie]] 1818, după moartea starețului Dorotei, întreaga obște de la Cernica l-a ales ca stareț pe ieromonahul Calinic.<ref>[[Mircea Păcurariu]], ''Dicționarul Teologilor Români'', Ediția a doua, Editura Enciclopedică, București, 2002, p. 79. ISBN 973-45-0409-6</ref> Deși avea doar 31 de ani (din care 11 petrecuți în mânăstire), noul stareț a încercat să impună ordine și disciplină duhovnicească, alcătuind regulamente scrise cuprinzătoare. S-a îngrijit de înființarea unei biblioteci care să cuprindă cele mai importante cărți de cultură teologică. Doi ani mai târziu a fost hirotonit ca [[arhimandrit]], de către mitropolitul Țării Românești, Dionisie Lupu (pe [[9 aprilie]] 1820).

Sfântul Calinic a fost un neobosit organizator, constructor și restaurator de biserici. În mai puțin de doi ani a reușit să ducă la bun sfârșit lucrările de restaurare și de pictură ale bisericii cu hramul Sfântul Nicolae de pe insula mare de la Cernica. Poate cea mai importantă ctitorie a sa a fost biserica cu hramul Sfântului Mare Mucenic [[Gheorghe purtătorul de biruință]], zidită între anii 1831-1832, și refăcută în anul 1838, în urma cutremurului de atunci. Tot atunci s-a ridicat o nouă stăreție, clopotnița, iar pentru îngrijirea călugărilor bolnavi s-a construit o bolniță.