Când au început lucrările sinodului, acestea au fost deturnate de la scopul inițial (judecarea faptelor lui Teofil al Alexandriei, după porunca împăratului) la obligarea patriarhului Ioan Gură de Aur de a-și cere iertare pentru sprijinul acordat lui Isidor și „Fraților lungi”. Acuzarea a fost prezentată de Severian, episcop de Gabala (în Siria), căruia anterior i se ordonase să părăsească Constantinopolul pentru implicarea sa într-un complot împotriva [[patriarh]]ului.<ref>[http://www.newadvent.org/cathen/13742b.htm New Advent. The Catholic Encyclopedia: ''Severian'']</ref> Nerecunoscând legalitatea sinodului, Sf. Ioan Gură de Aur a refuzat ordinul de a se prezenta pentru a fi judecat în fața unui grup care îi erau dușmani pe față. După ce a refuzat și o a treia chemare, sinodul, cu acordul împăratului Arcadie, l-a declarat pe patriarhul Ioan Gură de Aur [[Depunere|depus]] din episcopat. În această situație, Sf. Ioan Gură de Aur s-a predat de bunăvoie soldaților imperiali, pentru a evita orice vărsare de sânge inutilă, și a plecat în exil.
==Exilurile Sf. Ioan Gură de Aur==Reacția poporului la depunerea și exilarea iubitului lor patriarhIoan Gură de Aur, precum și apariția unui accident brusc în palatul imperial, au înspăimântat-o pe împărăteasa Aelia Eudoxia și au făcut-o să se teamă de pedeapsa divină pentru că influențase exilarea Sf. Ioan Gură de Aur (ea era deja în conflict cu patriarhul Ioan Gură de Aur din cauza obiecțiilor acestuia cu privire la influența nefastă exercitată de către Eudoxia asupra împăratului Arcadie). Din aceste motive, împărăteasa Eudoxia a ordonat imediat rechemarea lui Ioan Gură de Aur. Inițial, acesta a fost reticent în a se întoarce la Constantinopol, dar după ce s-a întors, a fost întâmpinat cu mare bucurie de popor, ceea ce a provocat o mare frică în rândurile susținătorilor lui Teofil și a dus la fuga acestora din capitală.<ref> Chrysostom Baur (1910), [http://www.newadvent.org/cathen/08452b.htm “St. John Chrysostom”], ''The Catholic Encyclopedia'', Vol. VIII (New York: Robert Appleton Company)</ref>
Cu toate acestea, încercarea eșuată de la „Stejar” nu i-a descurajat pe dușmanii lui Ioan Gură de Aur, aceștia persistând în încercările lor de a-l depune din scaunul patriarhal. La [[24 iunie]] 404, ei au reușit din nou depunerea și exilarea Sf. Ioan Gură de Aur pentru a doua oară. În timp ce zăcea pe patul de moarte pe drumul exilului, ultimele cuvinte pe care le-a rostit Sfântul Ioan Gură de Aur au fost „Slavă lui Dumnezeu pentru toate!”.