Într-o încercare de a forţa împăcarea dintre ortodocşi şi monofiziţi el a emis în anul 482 ''Henoticonul[[Henoticon]]ul'' („actul de unire”). Acest document a fost pregătit de Patriarhul [[Acachie al Constantinopolului]] şi aprobat de împărat. Zenon a promulgat Henoticonul fără aprobarea vreunui [[sinod]] de episcopi. Prin acest document, Zenon spera să împace populaţia provinciilor romane din Egipt, Palestina şi Siria, care adoptau din ce în ce mai mult [[monofizitism]]ul condamnat la Sinodul de la Calcedon. Tezele principale ale ''Henoticonului'' erau:*credinţa aşa cum era definită de [[Sinodul I Ecumenic|Sinoadele I]] şi [[Sinodul II Ecumenic|al II-lea Ecumenice]];*condamnarea lui [[Eutihie]] şi a lui [[Nestorie]] care fusese emisă la [[Sinodul IV Ecumenic|Calcedon]];*o aprobare explicită a celor doisprezece anateme ale lui [[Chiril al Alexandriei]];*evitarea oricărei declaraţii referitoare la o fire sau două firi ale lui Hristos, într-o încercare de a-i mulţumi atât pe calcedonieni cât şi pe ne-calcedonieni.Acest document nu a satisfăcut însă nici una din partide. Toate bisericile s-au simţit ofensate de intervenţia deschisă a împăratului în problemele bisericeşti. După doi ani de tergiversare şi tărăgănări din partea patriarhlui Acachie, Papa [[Felix al III-lea]] al Romei a condamnat documentul în 484 şi l-a excomunicat pe Acachie. Ca ripostă, Acachie a scos numele papei din [[diptic]], în acest mod începând în mod efectic [[Schisma acachiană]].