Situaţia politică diferită din Răsărit şi din Apus au făcut ca înţelegerea organizării Bisericii să capete conotaţii diferite în cele două zone. Între Răsărit şi Apus existau diferenţe notabile. Astfel, în Răsărit multe Biserici fiseseră fuseseră întemeiate de Sfinţii [[Apostoli]], iar principiul egalităţii între episcopi şi al conducerii colegiale, sinodale a Bisericii era bine înrădăcinat. Răsăritul recunoştea în [[Papă|Papa]] Romei pe cel dintâi dintre episcopii Bisericii, însă îl priveau ca pe un ''primus inter pares'', primul dintre egali. În Occident însă exista un singur scaun episcopal care se putea revendica de la Sfinţii Apostoli, şi anume Roma, astfel încât scaunul Romei a ajuns să fie considerat Scaunul apostolic prin excelenţă. Cu toate că a recunoscut Sinoadele Ecumenice, Biserica din Apus nu a jucat un rol foarte activ în timpul lucrărilor acestora. Cu timpul, în Apus Biserica a început să fie percepută mai mult ca o structură de tip monarhic (cu Papa în rolul conducător) şi mai puţin ca o structură colegială.

În secolul al XVI-lea, a apărut în Rusia ideea că imperiul aflat sub conducerea ţarilor ţărilor ar fi o „a Treia Romă” creştină, idee preluată sporadic de-a lungul următoarelor secole şi reactualizată începând cu secolul al XIX-lea. Ideea a contribuit la dezvoltarea mesianismului rus şi a ideii că ruşii ar fi un popor ales, iar Imperiul rus ar fi fost menit să fie noul ocrotitor al Ortodoxiei, până la sfârşitul veacurilor. Pe plan politic, ideea a încurajat propaganda imperială rusă. În plan bisericesc, aceasta i-a îndemnat pe unii autori să avanseze ideea că [[Biserica Ortodoxă Rusă|Biserica Rusiei]] ar trebui să fie aşezată cea dintâi în ordinea precedenţei, înaintea Bisericii Constantinopolului. Însă aceste pretenţii nu au fost niciodată recunoscute în mod oficial în lumea ortodoxă, Biserica rusă rămânând în continuare a cincea în ordinea [[diptic]]elor, după Biserica Ierusalimului.