În acei ani o epidemie teribilă a decimat comunitatea Mănăstirii Marea Lavră și pe aproape toți preoții ei. Atunci egumenul mănăstirii l-a chemat pe Nifon și i-a dat ascultare și slujească Sfânta Liturghie pentru chiliile și așezările monastice mai mici din sudul Muntelui Athos. Sfântul Nifon a petrecut trei ani în această slujire, dar arzând de dorința de isihie s-a pe locul vechii mănăstiri Bulevtiria (nu departe de locul actualului schit Sfânta Ana, cf. vieții sfântului Gherontie, prăznuit la 26 iulie). Viața ascetică pe care a dus-o acolo era atât de îngerească, că trăi fară acoperiș și se hrănea doar cu ierburi sălbatice, încât unii monahi invidioși îl acuzau de rătăcire la starețul de la Marea Lavră. După ce a fost constrând să părăsească acest fel de viață, sfântul Nifon s-a lipit de sfântul Maxim Kavsokalivitul (prăznuit la 13 ianuarie). Rămânând cu el mai mulți ani, l-a cunoscut îndeapoape și a putut mai târziu să-i scrie biografia.<ref>[[Kallistos (Ware) of Diokleia|Kallistos of Diokleia]]. ''"[http://books.google.ca/books?id=dGIbAAAAYAAJ&q=Kath%C4%93g%C4%93tria&dq=Kath%C4%93g%C4%93tria&source=bl&ots=vcMuXRGps4&sig=BewXksIdkWjXTASTVCD1hP97EOU&hl=en&sa=X&ei=QmUcUPTJOYfp6gGVioGgCQ&ved=0CDIQ6AEwAA St Maximos of Kapsokalyvia and Fourteenth-Century Athonite Hesychasm]".'' In: Kathegetria. Essays Presented to Joan Hussey for her 80th Birthday. Surrey, 1988. p.410. ISBN 978-1-871328-00-4.</ref>

In 1345, Niphon was the [[Protos (monastic office)|Protos]] of [[Mount Athos]]. At that time Athos came under the protection of the Serbian Tsar [[w:Stephen Uroš IV Dušan of Serbia|Stefan Dusan]], who accused him for heresy and [[Bogomilism]], but he was successfully defended by [[Gregory Palamas]].<ref name="Stoy">Janet Hamilton, Bernard Hamilton, Yuri Stoyanov (Transl.). ''[http://books.google.gr/books?id=uH-8AAAAIAAJ&pg=PA53&dq=niphon+athos&hl=el&sa=X&ei=tIb7TqTmI8igOoOYsfcB&ved=0CFwQ6AEwCA#v=onepage&q=niphon%20athos&f=false Christian Dualist Heresies in the Byzantine World, C. 650-c. 1450: Selected Sources].'' Manchester Medieval Sources Series. Manchester University Press ND, 1998. pp.53. ISBN 978-0-7190-4765-7.</ref>