Din punct de vedere arhitectonic, biserica Mănăstirii Trei Ierarhi respectă în linii mari planul bisericilor moldovenești din secolul al XVI-lea: un plan triconic, având o turlă suplimentară deasupra pronaosului. Bolta principală cuprinde două registre suprapuse de patru și respectiv opt arce de boltă dispuse oblic și care, împreună cu pandantivele de deasupra lor, reușesc să reducă diametrul [[Clopotniță|clopotniței]]. La exterior, aranjarea elementelor decorative de pe fațade amintește de biserica [[Mănăstirea Dragomirna|Mănăstirii Dragomirna]] (ridicată între anii 1606-1609). Împărțirea paramentului cu ajutorul unei centuri este cea întâlnită la mănăstirile muntenești din acea perioadă, iar influența stilului gotic transilvănean este vizibilă la contraforturi, la armătura de piatră a ferestrelor, la profilul ușilor, precum și la chenarele cu baghete și arce în acoladă.<ref>[http://www.cimec.ro/Monumente/Treier/treiero.htm Aurelian Trișcu, ''Biserica „Sfinții Trei Ierarhi”''], 15 octombrie 1998, ''Cimec.ro'', accesat la 22 mai 2020</ref>