Pafnutie a fost persecutat pentru credința sa creștină, suferind o mutilare a genunchiului stâng și pierderea ochiului drept în timpul [[Persecuții împotriva creștinilor (epoca antică)|persecuțiilor împotriva creștinilor]] declanșate de împăratul Maximian (286-305). Ulterior a fost condamnat la muncă silnică într-o mină. După promulgarea [[Edictul din Milano|Edictului din Milano]] de către Sf. Împărat [[Constantin ce cel Mare]], a fost eliberat și a putut să-și continue chemarea sa de a-i creștina pe egiptenii acelor timpuri, ajungând [[episcop]] al Tebaidei de Sus.