S-a căsătorit cu Aelia Flacilla, de la care a avut doi fii, [[Arcadie]] şi Honorius (urmaşii săi la tron), şi o fiică, Pulcheria. Soţia sa, Aelia Flacilla (cunoscută şi ca ''Placilla'' sau ''Plachilla''), este [[Prăznuire|prăznuită]] ca [[sfânt]]ă pe data de [[14 septembrie]]. Atât Aelia, cât şi fiica sa Pulcheria au murit în anul in 385. Mai târziu, Teodosiu s-a căsătorit cu Galla, fiica împăratului Valentinian I, cu care a avut o fiică, Galla Placidia, viitoarea mamă a împăratului Valentinian al III-lea.

La scurt timp însă, datorită faptului că tatăl său (generalul roman Flavius Theodosius ''cel Bătrân'') căzuse în dizgraţie şi fusese executat la ordinul împăratului Valentinian I, Teodosie s-a retras la moşiile sale în Spania (în 376), aparent temându-se de persecuţiile împăratului din cauza legăturilor sale de familie. Dar reputaţia sa din domeniul militar nu a fost uitată, şi după moartea lui Valentinian I, urmaşii acestuia, co-împăraţii Valentinian al II-lea şi Graţian, l-au rechemat pe Teodosie, încredinţându-i comanda unei noi campanii împotriva sarmaţilor. După o serie de victorii, Teodosie a câştigat rangul de ''magister militum per Illyricum'', iar în anul 378 împăratul Graţian l-a desemnat drept co-împărat (''Augustus'') pentru partea de răsărit a imperiului roman, după ce fostul co-împărat Valens fusese ucis de către goţi în bătălia de la Adrianopol.