Sfântul Ioan s-a născut în Delta Dunării, în Dobrogea în jurul anului 360 . El este prezentat ca fiind de „neam scit” (unele ''natione scytha'', referindu-se la locuitorii [[Sciția Mică|Sciției Mici]]) de Gherandie din Marsilla, cel mai vechi biograf al sau, iar săpăturile arheologice efectuate de [[Vasile Pârvan]] în 1912 au dus la descoperirea unor inscripții ce vorbeau de „Casieni”<ref>[[Mircea Păcurariu]], ''Istoria Bisericii Ortodoxe Române'' Volumul 1, Editura Institutului Biblic și de Misiune al Bisericii Ortodoxe Române, București, 1991. ISBN 973-9130-08-9</ref>. Unele izvoare apusene spun că era din naștere din neamul galilor).  În anul 382 intră într-o [[mănăstire]] din Betleem și după câțiva ani primește permisiunea ca, împreună cu prietenul său Sfântul [[Gherman din Dobrogea]], să meargă să-i cerceteze (viziteze) pe [[Părinții pustiei]] din Egipt. Ei au rămas în Egipt până în anul 399, cu excepția unei scurte perioade când s-au reîntors la Betleem și au primit binecuvântarea de plecare definitivă din acea mănăstire.